Johannes Schlaefli wurde 1983 zum Leiter des Akademischen Orchesters Zürich, und bei der Gründung des Akademischen Kammerorchesters Zürich 1992 auch zu dessen Leiter gewählt. Zunächst war er noch Oboist und als Dirigent Autodidakt. Seither hat sich seine Dirigiertätigkeit kontinuierlich ausgeweitet (Gastdirigate bei Berufsorchestern, aber auch in Tschechien, den USA etc.) und in Kursen oder in privater Zusammenarbeit gingen wichtige Impulse von Mario Venzago, Leonard Bernstein, Erich Schmid, Kirk Trevor und Tsung Yeh aus.
Neben der Arbeit mit den akademischen Orchestern und verschiedenen Musikhochschulorchestern ist Schlaefli heute Chefdirigent des Berner Kammerorchesters und hat das Kammerorchester Basel (Serenata) aufgebaut und massgeblich geprägt.
Einen immer wichtigeren Stellenwert nimmt in letzter Zeit seine pädagogische Tätigkeit ein: Seit einigen Jahren ist er Dirigierlehrer bei verschiedenen Kursen der «Symphonic Workshops» in Tschechien, und seit Herbst 1999 wirkt er als Dozent der Dirigierausbildung an der Hochschule Musik und Theater Zürich.